Trước hậu quả sau cơn bão Vera, chính phủ Nhật Bản đã thành lập một trụ sở thảm họa ở Tokyo và phân bổ nguồn lực cho các khu vực bị ảnh hưởng. Chính phủ cũng thành lập Cục Cứu trợ Thảm họa Trung ương Nhật Bản tại Nagoya.[1] Do chi phí thiệt hại ước tính lớn của các tác động của Vera, quốc hội Nhật Bản đã buộc phải đưa ra một ngân sách quốc gia bổ sung để trang trải các tổn thất.[18] Bắt đầu từ tháng 9   27, nơi trú ẩn được mở ra và các cơ quan chính quyền địa phương hỗ trợ giải cứu thường dân bị mắc kẹt. Vào tháng Chín   29, Lực lượng phòng vệ Nhật Bản bắt đầu tham gia nỗ lực cứu trợ.[1] Trung tướng Hoa Kỳ Robert Whitney Burns đã ra lệnh cho tất cả các quân nhân sẵn sàng đóng quân tại Nhật Bản tham gia vào các nỗ lực cứu trợ bão. USS Kearsarge đã được phái đến Nagoya để hỗ trợ các nỗ lực cứu trợ ở đó.[9] Ở Nagoya, nước lũ làm ô nhiễm nước uống, làm giảm đáng kể nguồn cung cấp nước sạch. Mặc dù công tác vệ sinh và khử trùng nhanh chóng, dịch bệnh bùng phát ở một số nơi trong thành phố. Hơn 170   các trường hợp kiết lỵ đã được báo cáo, cùng với các trường hợp khác của hoại thư và uốn ván. Ngoài việc thiếu nước, việc phân phối thực phẩm, đã được nhắc nhở do tình trạng thiếu lương thực do Vera gây ra, dẫn đến các vấn đề đói cho dân số bị ảnh hưởng.[1]

Do hậu quả của việc vi phạm phòng thủ lũ lụt quanh Vịnh Ise, nước biển tiếp tục đổ vào các khu vực ngập nước sau khi Vera đi qua, làm chậm các nỗ lực sửa chữa. Một lần vi phạm kéo dài 150   km (93   mi) trên 5.000 yêu cầu   nhân sự, 32.000   bao cát, và máy ủi do Bộ Quốc phòng Nhật Bản phái đi để làm giảm dòng nước. Tại quận Ama của tỉnh Aichi, các nỗ lực tái thiết cho đê, đường và cơ sở hạ tầng kéo dài đến cuối tháng 12   1959.[1] Do những thiệt hại do ngành công nghiệp ngọc trai gây ra do bão, sản lượng ngọc trai Nhật Bản vào năm 1959 dự kiến sẽ giảm 30% vào năm 1959, với sản lượng 40% dự kiến vào năm 1960. Tổn thất tiền tệ cho ngành công nghiệp dự kiến sẽ làm lu mờ US $ 15   triệu, khiến chi phí ngọc trai Nhật Bản tăng 20%. Hơn nữa, tác dụng của Vera đối với ngành công nghiệp ngọc trai của đất nước dự kiến sẽ tồn tại trong hai đến ba năm.[13]

Cải cách và giảm nhẹ thiên tai

Sự hủy diệt chưa từng có do Vera gây ra đã khiến quốc hội Nhật Bản thông qua luật pháp để hỗ trợ hiệu quả hơn cho các khu vực bị ảnh hưởng và giảm thiểu thảm họa trong tương lai. Vào tháng Mười   Năm 1959, một phiên họp quốc hội đặc biệt đã ban hành một số biện pháp được điều phối bởi nhiều bộ của chính phủ và cung cấp các công ty con cho những người bị ảnh hưởng bởi Vera và các thảm họa tự nhiên khác ở Nhật Bản từ tháng 8 và tháng 9 năm đó. Một đạo luật lâu dài được thúc đẩy bởi hiệu ứng của Vera là năm 1961   thông qua Đạo luật cơ bản về phòng chống thiên tai, được coi là "nền tảng của pháp luật về giảm thiểu rủi ro thiên tai ở Nhật Bản". Đạo luật đã thành lập Hội đồng phòng chống thiên tai trung ương, được thành lập để phối hợp giảm thiểu rủi ro thiên tai. Pháp luật cũng bắt buộc một kế hoạch phòng chống thiên tai hàng năm, phải được đệ trình lên quốc hội Nhật Bản hàng năm. Cuối cùng, đạo luật thành lập ngày 1 tháng 9 là một ngày phòng chống thiên tai quốc gia.[1]

Ngoài cải cách lập pháp, việc vi phạm các hệ thống phòng chống lũ lụt ven biển trong thời gian Vera đã thúc đẩy thiết kế lại các cơ chế như vậy. Ở Nagoya, quy định được tạo ra cho xây dựng ven biển và độ cao của chúng. Sự phát triển của hệ thống phòng thủ lũ lụt ở các vịnh Ise, Osaka và Tokyo cũng được đưa vào hoạt động. Độ cao của các hệ thống phòng thủ như vậy dựa trên các tình huống xấu nhất và độ cao của bão lớn nhất do bão gây ra.[1]